Los órganos de gobierno del Irie son:
Consejo del instituto
Es el órgano de participación de los miembros del Instituto de Investigación e Innovación Educativa (Irie). Está presidido por el director y formado por los coordinadores de cada área de investigación, el subdirector y el secretario del Irie, que también actúa como secretario de este órgano.
Consejo Rector
El Consejo Rector estará formado por el rector y cuatro representantes de la UIB; el consejero de Educación y Universidad y tres representantes de la Consejería de Educación y Universidad (CEU); un representante de la Conselleria con competencia específica en investigación y desarrollo y el director del Irie, que actúa como secretario, con voz pero sin voto.
Claustro
El Claustro es el órgano de deliberación del Instituto. Está presidido por el director de este Instituto y constituido por los investigadores responsables de cada grupo de investigación en que se estructura el Irie, un representante de los investigadores en formación, un representante de los investigadores individuales asociados, un representante del personal de apoyo científico y un representante del personal de administración.