Els òrgans de govern de l'IRIE són:
Consell de l'institut
És l’òrgan de participació dels membres de l'Institut de Recerca i Innovació Educativa (IRIE). Està presidit pel director i format pels coordinadors de cada àrea de recerca, el subdirector i el secretari de l’IRIE, que també actua com a secretari d'aquest òrgan.
Consell Rector
El Consell Rector estarà format pel rector i quatre representants de la UIB; el conseller d'Educació i Universitat i tres representants de la Conselleria d'Educació i Universitat (CEU); un representant de la conselleria amb competència específica en recerca i desenvolupament i el director de l’IRIE, que actua com a secretari, amb veu però sense vot.