Els òrgans de govern de l'IRIE són:
Consell de l'institut
És l’òrgan de participació dels membres de l'Institut de Recerca i Innovació Educativa (IRIE). Està presidit pel director i format pels coordinadors de cada àrea de recerca, el subdirector i el secretari de l’IRIE, que també actua com a secretari d'aquest òrgan.
Consell Rector
El Consell Rector estarà format pel rector i quatre representants de la UIB; el conseller d'Educació i Universitat i tres representants de la Conselleria d'Educació i Universitat (CEU); un representant de la conselleria amb competència específica en recerca i desenvolupament i el director de l’IRIE, que actua com a secretari, amb veu però sense vot.
Claustre
El Claustre és l’òrgan de deliberació de l’Institut. Està presidit pel director d’aquest Institut i constituït pels investigadors responsables de cada grup de recerca en què s’estructura l’IRIE, un representant dels investigadors en formació, un representant dels investigadors individuals associats, un representant del personal de suport científic i un representant del personal d’administració.